Аніме «Незбагненна Ахарен» розповідає про несподівану дружбу між двома абсолютно різними учнями: маленькою і несміливою дівчиною Рейною Ахарен та великим і похмурим хлопцем Райдо Мацубосі. Все починається з простого інциденту — коли Рейна випадково випускає гумку, і Мацубосі допомагає їй підняти її. Це стає початком їхнього знайомства, яке переростає в неймовірно теплі та складні стосунки. Рейна Ахарен, хоча й виглядає скромно, має особливість, яка робить її поведінку особливою. Вона не вміє будувати стосунки з людьми і намагається бути дружньою настільки, що часом може здатися нав'язливою. Це проявляється в тому, що, навіть не знаючи людину добре, вона одразу поводиться так, ніби вони давно знайомі.
Ахарен не може контролювати свої емоції та взаємодії з іншими, і це часто ставить її і оточуючих у незручне становище. Вступаючи до нової школи, Рейна намагається змінити свою поведінку, але їй це не завжди вдається. Мацубосі, хоч і здивований цією дивною поведінкою, щиро намагається допомогти своїй подрузі. Він розуміє, що Ахарен має проблеми з встановленням меж у спілкуванні, і прагне дати їй зрозуміти, що іноді потрібно бути більш обережною, щоб не відлякувати інших. Хоча Мацубосі часом відчуває, що вони живуть у різних світах, він підтримує її в боротьбі з її соціальними труднощами. А їхні стосунки все більше розвиваються, між ними з'являється справжня дружба, що дарує багато теплих і забавних моментів.