У "Нієр: Автомата Ver1.1a" (1 сезон, частина 2) людство опинилося на межі повного знищення після вторгнення інопланетних загарбників. Вони застосували свої машини для знищення майже всіх людей, залишивши їх єдину надію — вижити на Місяці. Однак у 5204 році людство запускає контрнаступ, відправляючи армію андроїдів з орбітальних баз. Ці андроїди створені з високотехнологічними бойовими здібностями і мають одну мету — знищити ворога і повернути Землю. Аніме зосереджується на силах "Йорха", спеціальному підрозділі андроїдів, яких програмують для боротьби з інопланетянами. Вони проходять через численні битви та операції, щоб захистити людство і покласти край цьому жорстокому конфлікту.
Командир сил "Йорха" — досвідчений і мудрий лідер, що пережив багато жахливих боїв, і веде своїх підлеглих у нові операції, які стають усе більш небезпечними. Одним з важливих моментів є виявлення слабких місць у структурах машин, які належать прибульцям. Це відкриття надає нову надію і змінює хід війни, даючи шанс на успіх у контрнаступі. Серед андроїдів виділяються й інші персонажі, котрі по-своєму борються з питаннями самосвідомості, сенсу існування і долі людства. Це аніме не лише пропонує динамічні бойові сцени, а й заглиблюється в теми мужності, самопожертви та боротьби за виживання. Андроїди стають символом незламної волі і надії для людства, яке прагне повернутися до своєї рідної планети. Вони не зупиняються перед випробуваннями, вірячи, що перемога близько.